San Fernando de Henares är en kommun i Spanien. Den ligger i provinsen Provincia de Madrid och regionen Madrid, i den centrala delen av landet, 18 km öster om huvudstaden Madrid. Antalet invånare är 41,376. Arean är 39 kvadratkilometer. San Fernando de Henares gränsar till Alcalá de Henares, Coslada, Madrid, Paracuellos de Jarama, Torrejón de Ardoz, Torres de la Alameda, Loeches, Mejorada del Campo och Rivas-Vaciamadrid.
Terrängen i San Fernando de Henares är platt.
Ett kallt stäppklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 17 °C. Den varmaste månaden är juli, då medeltemperaturen är 31 °C, och den kallaste är december, med 4 °C. Genomsnittlig årsnederbörd är 570 millimeter. Den regnigaste månaden är november, med i genomsnitt 89 mm nederbörd, och den torraste är augusti, med 8 mm nederbörd.
